孔氏宗族的族譜是中國歷史上延續時間最長、包羅內容最豐富、譜系最完整的族譜。孔氏宗族視修譜為合族大事，通過修譜可以把居住分散、血緣關係相對疏遠的孔氏族人組成一體，從而達到“詳世系、聯疏親、厚倫誼、嚴冒紊、序照穆、備遺忘”的目的，修譜還可以有效地防止和清查“外孔”的滲入。

最初的孔氏家乘，只是以抄本傳世，記載世襲奉祀的宗子名字。北宋元豐八年(1085年)，官居朝議大夫的孔子四十六代孫孔宗翰深感個別抄本易於散失，而且每代僅錄一人，使家族中許多賢達之士未能載入史冊，年代久遠後必被湮沒，決定廣收資料，創修孔氏族譜。這是孔氏宗族的第一部族譜，將本族嫡系及支庶一併收入，正式鏤版印刷。

孔宗翰之後的四百年間，宋、金、元歷朝更替，屢值兵燹戰亂，其間孔氏譜牒雖曾進行過重修，但沒有正式刊刻。明代弘治二年(1489年)，才又一次組織重修並付印。這次重修的族譜接受以往瀕於失傳的教訓，特對修譜之事作了文字上的規定：此後族譜“六十年一大修，三十年一小修，大修以甲子為期”。按此規定，應當在嘉慶四十年(1561年)左右修譜，但由於種種原因，修譜工作比規定時間向後拖了六十多年，直到天啟二年(1622年)才纂修族譜，這距上次修譜已有133年的時間。而後的康熙、乾隆朝的甲子年均按時修譜，但乾隆甲子(1744年)負責修譜的是孔繼汾，他後來因被告觸犯了清朝《會典》而陷入文字獄，充軍到新疆伊犁。在以後的一百多年裡沒有再大修過族譜，直到民國九年(1920年)倡修全族大譜，經土7年努力，在民國二十六年方大功告成。這部民國族譜是最大規模的一個孔氏全國合族大譜。

北宋元豐及明弘治年間所修的孔氏族譜，久已亡佚，今天能看到的只有天啟、康熙、乾隆和民國所修的四部。從這四部族譜的纂修人員的設定來看，可以發現，隨著世代推移，修譜機構的設定規模逐漸擴大。

為確保修譜工作的順利進行，衍聖公府建立了一整套嚴密的組織機構和人事安排，如乾隆九年(1744年)修譜時，設立鑑定一人，由衍聖公擔任;監修二人，由三品執事官和世襲翰林院五經博士擔任;提調二人，由正一品蔭生候選員外郎和曲阜縣世職知縣擔任;以下編次、掌收、校閱、譽錄、督刊、收發等職，也是各由四品執事官、候選州同知之類有官職者及有科名的人員擔任。到民國時期最後一次大修時，衍聖公孔德成主持，專門設立了“曲阜全國孔氏合族修譜辦事處”(簡稱“譜館”，古時稱：“纂局”)，孔德成任總裁，由族長孔傳蜻等三人主持日常工作，譜館有職員66名，另有一些勤雜員役。

修譜時，衍聖公府要先行制訂條規、頒布榜示，制訂統一格冊和修譜誓詞。然後擇吉日舉行儀式，告廟致祭後，各執事人員進入修譜的專設機構纂局內辦公。族譜纂修完成，要在孔廟舉行隆重的告祭儀式。各戶族眾按規定領到新譜後，即將舊譜交至族長，立即焚瘞。如有失落舊譜者，即聲明，該戶頭戶舉出具證明，刻附譜後。

孔氏歷代修譜都非常嚴格，明天啟年間修譜規定義子不能入譜，違者重究。清康熙時修譜，規定更加詳細：一，凡不孝、不悌、犯義、僧道、邪巫、優卒、賤役等，都被認為是“辱祖玷宗，喪名敗節，皆不準入譜”;二，因修譜都是集資，所以規定族人每丁交銀八分，違者不準入譜;三，孔氏子孫不僅行輩字有一定規定，即使用字亦隨行輩而定，不準亂用。修譜時，如有不依規定亂取用者，必須改正，否則不得入譜。乾隆甲子修譜除繼承康熙時的規定外，又提出凡“養異姓為子、贅婿冒姓、子隨母嫁攜來同居”者，亦不得入譜。對以上各方面，不僅各戶頭要認真作保證，而且還發動族人知情者履行檢舉之責。

在孔氏宗族中，除大宗主衍聖公主持纂修的全譜外，各戶、各支派還有自己纂修的小譜或支譜。這些譜牒各具特色，保存了大量珍貴的歷史資料。比如，《林前戶支譜》記載了從漢至清歷代皇帝對孔氏優免賦役的敕文，並收入嘉慶年間立於孔廟毓粹門下的蠲免碑文。《大宗支譜》則收入了更為詳細的資料，在人名之下不僅載有字號、功名官職，還有妻妾娶自何家、其子娶何家之女、其女嫁與何家之男等內容。由於支譜所刊印數量較少，留存下來的僅有八部，它們是：《東家小譜》、《嫡系小譜》、《續修支譜》二種，《大宗支譜》二種，《林前戶支譜》、《林前戶重修孔子世家譜》。

凡是流寓外地的孔氏族人纂修的支譜，必須獲得衍聖公的批准，加蓋衍聖公府大印後才能成立。各級官府主要根據衍聖公府鈐印的有無，來判斷內孔與外孔，決定是否給予優免差徭及有別於齊民的特權。

內孔和外孔

一般說來，作為聖裔的孔氏宗族常常自稱“內孔”或“真孔”，而把同姓不同宗的孔氏稱為“外孔”或“偽孔”。這裡的里外、真偽，是以聖脈的流傳作為對照的。

聖裔們所強調區別的“外孔”，其情況大致有二：

一是與聖裔同姓不同宗的孔氏。如本書第一章中所述，在古代，也有幾支孔姓並非出於子姓之後，在孔父嘉至孔子一系後世的繁衍、擴大的同時，這些“聖裔”之外的孔姓漸漸淹沒無聞，也無世系資料存世，然而這為數不多非聖裔的孔氏有時會想方設法混進聖裔中去，以圖享受到朝廷對孔子後裔的優厚待遇。正是“累朝優禮”、“與常人異”的待遇，在孔氏宗族史上引起了大量偽孔冒宗的現象，在曲阜縣之外的其他州縣，時有和孔子後裔並非一脈的外孔假冒“聖裔”，以期得以優免地方差徭，這種情況每朝每代都有發生。而在曲阜，由於管理嚴格，冒宗易於識別，這種情況極為罕見。

一是出於衍聖公府的奴僕孔末所傳的後代。據載，孔仁玉的後裔在北宋時期傳至五十三代而分為“孔氏五位”的同時，灑掃戶孔末的子孫也已立為“五院”，分布在曲阜的小薛社、張陽社、西隅社、東忠社、西忠社。到清代，這些所謂“仆隨主姓”的外孔，又發展到曲阜之外的鄒縣等地。既然同屬一姓，又並非同脈，為了明確主僕、聖裔庶民之區別，以衍聖公府為代表的孔氏宗族“不準其隨欽賜行輩取名，以免混亂”。外孔如冒宗續譜，則要因“冒宗譜，濫邀恩崇”而獲罪。